[Aetae]

Но, конечно, значение переменной при таком использовании менять нельзя.

Ну если очень хочентся именно так, то:

<script>
function clk(flag, e){
    console.log(this);
    console.log(e);
    flag.flag = !flag.flag;
    console.log(flag.flag);
}
document.onclick = clk.bind(document, {flag:false});
</script>

но особого смысла в том не вижу.)