[Dimaz]

Условия итерации значит не верны, не достигается конец данных.

Нет. Проблема в этом:

var ints = new Int8Array(dataView.byteLength-1800);

Я вычитаю 1800 байт из dataview, поэтому и пропадает. Надо не из исходника вычитать, а из нового созданного массива.
А вообще всё еще проще оказалось:

var buffer1 = reader.result.slice(0,328000);
var buffer2 = reader.result.slice(8551215);
var blob = new Blob([buffer1], {type: 'audio/mp3'});

Метод slice и не нужно никаких dataview и циклов. Мне же нужно просто скопировать данные, а dataview нужен для изменения данных, а не копирования.

Чем? Это надо или сесть самому и библиотеку написать или же взять готовую, а не выпендриваться по каждому поводу. ) Хостер ваш многое вам может наговорить, просто не хотят устанавливать, а кому мол надо чешитесь сами.

Например тем, что все обрезание происходит как я уже писал за доли секунды. В случае с сервером нужно сначала скачать файл из нета на комп, потом закачать его на сервак, потом обрезать, потом уже скачать обрезанный файл на комп.
В общем обрезание происходит успешно, файл после этого воспроизводится без проблем. Вопрос можно закрывать