package.json (для винды)
{
    "scripts": {
        "gulpes6": "./node_modules/.bin/webpack.cmd --progress --colors --config webpack.gulpfile.js",
    }
}
gulpfile.es6
import gulp from 'gulp';
// обязательно именно так "from gulp"
// если писать по другому, вебпак будет пытается запихнуть в bundle
webpack.gulpfile.js
'use strict';
var fs = require("fs");
module.exports = {
    entry: './gulpfile.es6',
    target: 'node',
    externals: fs.readdirSync('node_modules'),
    output: {
        path: './',
        filename: 'gulpfile.js',
        libraryTarget: 'commonjs'
    },
    module: {
        loaders: [
            // [url]https://github.com/babel/babel-loader[/url]
            {test: /\.(?:es6|js)$/, loader: 'babel'}
        ]
    }
};
запускаем в терминале
npm run gulpes6
будет собран gulpfile.js из gulpfile.es6
после чего можно запускать таски галпа обычным способом(через терминал или IDE)
по материалам 
ссылка