Потому что exec не так работает. Он выводит первым элементом массива найденное вхождение, вторым и последующими - содержимое скобок, после чего меняет индекс поиска. Если нужны скобки - следует использовать exec в цикле.
Подробнее.
Если скобки не нужны, достаточно match:
var str= '+79131231111 lдоб. 105 89131231122\n89131231133';
var re= /\d+/gm;
rez= str.match(re)
alert('массив номеров: ' +rez.join(' / '));