[psiklop]

да все дело во флаге /s
я к сожалению эту функцию вообще не понимаю
но переделанный вариант вот, с php совпадает

function gclid_decode(gclid) {
gclid = gclid.replace("_","/");
gclid = gclid.replace("-","+");
gclid = atob(gclid);
var matches = [];
var regexp = /(?=[\x5\xd\x15\x1d%\-5=EMU\]emu}\x85\x8d\x95\x9d\xa5\xad\xb5\xbd\xc5\xcd\xd5\xdd\xe5\xed\xf5\xfd])([\x80-\xff]*[\0-\x7f])([\s\S]{4})|([\x80-\xff]*[\0-\x7f])([\x80-\xff]*[\0-\x7f])/gi;
var result;
while (result = regexp.exec(gclid)) {matches.push(result);}
var ret = [];
var key,val,temp;


for (var i = 0; i < matches.length; i++) {
key = val = 0;
temp = matches[i][1] ? matches[i][1] : matches[i][3];
for (var i2 = 0; i2 < temp.length; i2++) key += (temp[i2].charCodeAt(0) & 0x7f) << i2 * 7;
if (matches[i][1]) {
for (var i2 = 0; i2 < matches[i][2].length; i2++) {
val = val + (matches[i][2][i2].charCodeAt(0) * Math.pow(2, i2 * 8));}}
else {
for (var i2 = 0; i2 < matches[i][4].length; i2++) {
val = val + ((matches[i][4][i2].charCodeAt(0) & 0x7f) * Math.pow(2, i2 * 7));}}

ret[key >> 3] = val;}
return ret;}

var x = gclid_decode("CMiPqOCPu8kCFYHbcgodoPABOQ");
alert(JSON.stringify(x));