Сделайте список замены объектом, где, что заменяем является ключом в нижнем регистре так как поиск у нас регистронезависимый
примерно так
<div id="test">
Есть текст на странице к примеру:<br>
Milk<br>
cold juice<br>
bananas<br>
Milky Way<br>
<br>
Есть list.txt со списком слов замены на сервере
</div>
<script>
var replace = {
'milk': 'Молоко',
'cold juice': 'Сок холодный',
'bananas': 'Бананы',
'milky way': 'Милки вэй'
};
var reg = new RegExp("(" + Object.keys(replace).sort(function (a, b) {
return b.length - a.length;
}).join('|') + ")", "ig");
test.innerHTML = test.innerHTML.replace(reg, function (s) {
return replace[s.toLowerCase()];
});
</script>