[TSGH]

к 'a' класс ссылок или что у вас там, к 'input[type="checkbox"]' тоже самое, id чекбокса желательно.

Извиняюсь за тупость, возможно что-то делаю не так, но не работает.

Это добавил в head

<script type="text/javascript">
    [].forEach.call(document.querySelectorAll('a#stoa'), function (el){
    el.addEventListener('click', function(){
      document.querySelector('input[type="checkbox"]#stoa').checked = false;
    });
  });
    </script>

Это код меню

<label id="menu">
  <input type='checkbox' class="stoa">
  <span class='menus'>
    <span class='hamburgers'></span>
  </span>
  <ul>
    <li>
    <a href="<?php bloginfo('template_url'); ?>/football.html" class="js-click-modal stoa">Футбол</a>
    </li>
    <li>
    <a href="<?php bloginfo('template_url'); ?>/hockey.html" class="js-click-modal stoa">Хоккей</a>  
    </li>
    <li>
    <a href="<?php bloginfo('template_url'); ?>/basket.html" class="js-click-modal stoa">Баскетбол</a>
    </li>
    <li>
    <a href="<?php bloginfo('template_url'); ?>/boks.html" class="js-click-modal stoa">Бокс</a> 
    </li>
  </ul>
</label>