[Malleys]

Последовательность отсортирована по номерам очереди и пропусков номеров изначально нет, есть разве что повторы номеров очереди.

Тогда можно ещё так:

function normalize(order) {
	return Array.from(new Set(
		order
			.split(/,\d+(?:,|$)/)
			.slice(0, -1)),
		(s, i) => [s, i + 1].join(",")
	).join(",");
}

alert(normalize("A,1,A,2,B,3,C,4"));

var array = new Array("A,1,A,2,B,3,C,4")

Ну так это не массив в массиве, а строка в массиве.

normalize(array[0]);