рони,
MooTools вшит в фреймворк
К2 это компонент блога, который на главной ругается на отсутствие jQuery из-за неправильной очередности
автор топика спокойно может подключить jQuery как написано здесь
https://gist.github.com/phproberto/7473480
при этом надо во всех расширениях проверить, чтобы подключалось подобным методом
вы можете полностью
убить отключить mootools моим плагином
https://github.com/vlasenkofedor/joomla_options
не совсем хорошая идея так как продливать сесию будете сами
как изменить порядок загрузки скриптов, подход я приводил
здесь