А при чем тут два скрипта?
Просто таймер нужен?
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Таймер</title>
<meta charset="UTF-8">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
<script>
var sec=20;
var min=0;
var time = min * 60 + sec
function refresh111()
{
var stime = ('0' + (time / 60 | 0)).slice(-2) + ':' + ('0' + (time % 60)).slice(-2)
document.getElementById ('timer111').innerHTML=stime;
if (time) {
time--;
inter=setTimeout("refresh111()", 1000);
} else {
document.getElementById ('tut1').innerHTML="Дождались222";
}
}
</script>
<body onload="refresh111();">
<span id="timer111"></span>
<div id="tut1">Ждем222</div>
</html>
В тех кодах, которые вы привели всяких неточностей и ошибок полно
var sec=10; // Это число 10
var min=00; // Это число 0
А после этого
if(sec<=9){sec="0" + sec;}
sec станет строкой. И следующий раз никак нельзя будет делать sec --
if(document.getElementById) // getElementById - это функция. Она должна вызываться с параметрами
inter=setTimeout...
....
clearInterval(inter) // clearInterval - используется после функции setInterval
if(min=='00' && sec=='00') // min - число. и оно никогда не будет равно строке '00'
Даже не представляю, где Вы взяли этот код, и чем он Вам подходит.