конечно затирает, написано же - replace - заменить. Только не путаете ли вы понятия строки и ячейки?
Вкратце именно для решения того что попытались сделать вы:
var $tr1 = $('#td1').parent();
var $tr2 = $('#td2').parent();
$tr1.prepend($('#td2'));
$tr2.prepend($('#td1'));
p.s. и в будущем, постарайтесь давать вменяемые названия своим темам.