При открытии нового окна(или повторном использовании существующего с тем же именем) метод (window#open) возвращает ссылку это окно.

newWin = window.open(....)

При обращении к новому окну может понадобиться проверить, не закрыл ли посетитель новое окно.

if (!newWin.closed) {
    newWin.document.write("Что-нибудь")
} else {
   alert("Вы почему окно закрыли, а?")
}