Учитывайте пробелы после точки, два переноса строки )))
var str="Здравствуйте , я ваша тетя\nПора завтракать.\r\nПора ужинать \r\nЗдравствуйте , я ваша тетя\r\n\r\n\r\nПора завтракать. \nПора ужинать.";
str=(str?str+"\n":str).split(/\.?\s*$/mg).join(".");
alert(str);