[Rise]

В моём понимании , нужно изменить часть кода

Да, сделай в duplicate второй параметр и передавай туда индекс строки, в условии получится: нечетный индекс - значения по формуле, четный - по индексу.

makeRow: function (i) {
	var L = methods.letter(i);
	return $('<tr />', {
			html: $('<td />').duplicate(opts.cols, i)
		}).duplicate(2)

$.fn.duplicate = function (count, row) {
	var tmp = [];
	for (var i = 0; i < count; i++) {
		if (this[0].tagName === 'TD') {
			if (row % 2) {
				this.html(/* по формуле */);
			} else {
				this.html(i);
			}
		}
		$.merge(tmp, this.clone().get());
	}
	return this.pushStack(tmp);
};