[Malleys]

А вот же работает и без React ref, выходит он не нужен?

Да, работает и не работает, как надо, вы не сможете использовать этот компонент более одного раза, поскольку document.querySelector("#app") указывает на один и тот же элемент.

document.querySelector("#app") ищет элемент, зачем вам его искать, когда вы его сами создаёте.

Чтобы это правильно работало вам нужно это компонент изолировать от остальной части DOM при помощи Shadow DOM API...

Я думаю, если вы решили использовать React.js, то нужно использовать все его возможности, а не только часть, а остальное пытаться изобрести заново. Да, ссылка на настоящий элемент может быть нужна, и такая возможность предоставляется!