[Rise]

Условие выполняется раньше клика, а после уже только функция клика может что-то менять.

var clicked = false;
image.onclick = function () {
    if (!clicked) {
        clicked = true;
        canvas.fillRect(0, 0, 100, 100);
    }
};
image.onclick = function () {
    if (clicked) return;
    clicked = true;
    canvas.fillRect(0, 0, 100, 100);
};