mik888em,
FOR %I IN ("D:\IMG\L\*.png") DO (FOR %J IN ("D:\IMG\R\*.png") DO (magick "%I" "%J" -background "rgba(255,255,255,0)" -alpha remove -bordercolor "rgba(255,255,255,0)" -border 1 -trim +append -quality 92 "D:\IMG\L+R\%~nI+%~nJ.jpg"))
Прозрачный тоже представляет какой-то цвет, а не то что его там нет. Например, это rgba(255,255,255,0) - белый прозрачный.