Контроллер запускается несколько раз при загрузке страницы
 

В функции внутри контроллера есть переменная с инкрементом.
При запуске страницы вижу что переменная с единицы становится равна 3.
Другие функции описанные в контроллере, также запускаются по 3 раза.
Код самого контроллера у меня большой, больше тысячи строк, может быть какая то функция запускает контроллер снова.
Также в хтмл разметке, я забиндил контроллер(извини за тофтологию), несколько раз, также при ng-click, я заново компилирую контент, где также биндится контроллер новому єлементу.
Может кто то сталкивался с подобным, помогите подумать.

1) Если используется (router или ui-router) убрать свойство controler из него.
2) Смотрите стэк вызовов через консоль

Если вам не сложно, можете объяснить, как посмотреть стек вызовов?

думаю что без кода не разобраться

Почитайте тут или тут например