Как передаются параметры в контроллер?
 

Этот код и этот работают. Разница в них в каком порядке передаются параметры в контроллер.
Как ангуляр узнаёт в каком порядке их передавать?

О каких параметрах речь? о массиве [5,2,1,3]??
Параметры передающиеся в контроллер у тебя - это $scope, $http.
$scope.names - это переменная внутри контроллера. И отрисовываются твои Li в том самом порядке в котором у тебя цифери в массиве лежат. Это обычный цикл for