В общем, всё оказалось довольно просто.
У window ифрейма в ie появляются всякие глобальные Object, Array и прочие после того, как в теле появится хоть один скрипт.
Т. е. достаточно создать один пустой

var script = iframe.doc.createElement('script');

и добавить его в body, тогда всё начинает работать :)

Ну наверно у меня и не возникало проблем, поскольку всегда либо фрейм уже со скриптами, либо в пустой фрейм всегда вставлялись скрипты

Deff, в моём случае ифрейм contentEditable, поэтому скрипты ему внутри ни к чему. Всё управление идёт из родительского окна.

Спасибо за участие :)