В общем, всё оказалось довольно просто.
У window ифрейма в ie появляются всякие глобальные Object, Array и прочие после того, как в теле появится хоть один скрипт.
Т. е. достаточно создать один пустой
var script = iframe.doc.createElement('script');
и добавить его в body, тогда всё начинает работать
