В IE одна стр, в других другая
 

Нужно сделать чтобы в IE выходила к примеру mysite.com/ie.php а в других mysite.com/index.php

как сделать ?

Проверяй на сервере по $_SERVER['HTTP_USER_AGENT'] регулярками.

Учтите это делается на PHP
Чтобы сделать это на JS используйте объект navigator и его свойства appName и appVersion

перенаправление на JS

if (window.navigator.userAgent.indexOf ("MSIE") >= 0)
window.location.href='mysite.com/ie.php';