svileff,
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.12.4/jquery.min.js"></script>
это грузить не надо, у вас уже есть jquery

Скидка так и не появляется

svileff,
на момент клика корзины не существует, она либо формируется, либо грузится с сервера, надо ставить дополнение в функцию формирования корзины.
можно конечно через таймер, но это очень плохой вариант.

$(function() {
    $("[href = '#order'], .t706__carticon-wrapper").click(function() {
        window.setTimeout(function() {
            function numberWithCommas(str) {
                return (+str).toFixed(0).replace(/(\d+)(\.\d+)?/g, function(c, b, a) {
                    return b.replace(/(\d)(?=(\d{3})+$)/g, "$1 ") + (a || "")
                })
            }
            $(".t706__product-amount.t-descr.t-descr_sm").each(function(i, el) {
                var nextLength = $(el).next(".t706__product-amount-sale").length;
                if (nextLength) return;
                var num = (el.textContent.replace(/[^0-9.]/g, "") || 0) * .8;
                var txt = numberWithCommas(num);
                $(el).after('<div class="t706__product-amount-sale">' +
                    txt + "&nbsp;\u0440.</div>")
            })
        }, 1500)
    })
});

Да так все срабатывает... Но небольшая задержка происходит. И еще как можно ограничить скидку что бы она начинала появляться когда общая сумма достигнет 3000 руб.

можно, но уже нет желания городить костыли.
смотрите общую сумму и делай условие в строке 9
if(сумма > 3000) $(".t706__product-amount.t-descr.t-descr_sm").each(function(i, el) {

$(".t706__cartwin-prodamount").bind( 'DOMSubtreeModified',function() {
var firsttime = true;
var productsum = window.tcart.prodamount;
num++;
if(  (num == 2 || firsttime )  && (productsum > 3000) ) $(".t706__product-amount.t-descr.t-descr_sm").each(function(i, el) {

Что то типа такого?

:) возможно.

Кстати когда миняеш значение товара цена миняется а скидка нет... Как это можно подправить.

svileff,

var nextLength = $(el).next(".t706__product-amount-sale").length;
 if (nextLength) return;

заменить на

$(el).next(".t706__product-amount-sale").remove()

Заменил не меняется