Немогу понять, зачем использовать массив A[A.length] = rect;?

Это массив, в котором содержатся отрисованные прямоугольники. При каждом mousemove рисуется новый прямоугольник, а старый удаляется (хотя, конечно, можно сделать и без этого). Вообще, код для рисования прямоугольника — переделка другого скрипта, для рисования круга (там без этого массива никак).

Теперь понятно, просто я пишу свой функционал поэтому не понял зачем там массив.

Столкнулся с несовершенностью метода, когда рисунков не много то выделение происходит бистро, но когда их много очень всё тормозит особенно ИЕ.

Поэтому можно пойти другим способом (если картинки имеют фиксированный размер и их к-во одинаково в одной строке):

Чисто коррдинатами высчитать какие узлы нужно выделить основываясь на параметрах длины рисунка и его высоты.