Nexus,
так проблемы надо искать и устранять, а не загонять костылями вглубь. Сделайте буферизированный вывод вкупе с json, может поймете, что это кака.

laimas, у меня сложилось впечатление, что у вопрощающего не особо серьезный проект и одним костылем его вряд ли испортишь.

Ясное дело, что таким образом устранять ошибку не есть хорошо.

griga,
РНР 7 может работать только с драйверами mysqli и PDO. В PDO метод fetchAll(PDO::FETCH_KEY_PAIR) сразу вернет массив элементов id => subcategory, который и нужно преобразовывать в json.

И пользуйтесь подготовленными запросами, иначе ваш код, это нечто.