выноси всё в более чёткие структуры. если по таймеру идёт вызов-лучше вызывай одну функцию в какой производи все действия. так и тебе будет понятнее и код удобочитаемее. да и браузеры от боков разработчиков не застрахованы-поэтому возникают ситуации когда вроде всё правильно а оно не работает или работает не так как должно -это я о подобном-hideSubmenu=setTimeout ("$('div.submenu#sub1').hide();flagSub=0;",100) });
да и вокруг подобной структуры идут споры-$('th#submenu1').mouseover(function(){......

Да и для лучшего понимания что не так(всё так) но почему так работает-просмотри области видимости функций и переменных-и подобного больше не будет возникать