Поковырялся в исходниках WebKit. Оказывается при установке textContent все дочерние элементы удаляются и создается новая текстовая нода, а при установке innerText если элемент содержит одну текстовую ноду, то просто устанавливается новое содержимое для нее.

Наглядно:

var container = document.createElement('div');
var childTextNode = container.appendChild(document.createTextNode('111'));
container.innerText = '222';
alert([childTextNode.data, childTextNode === container.firstChild]); // выдаст 222, а не 111
container.textContent = '333'
alert([childTextNode.data, childTextNode === container.firstChild]); // выдаст 222, false

Если текст будет содержать переносы или изначально нода будет содержать более одной ноды, то тесты могут дать другие результаты.

Ага, спасибо.
Тогда, видимо, лучше всего напрямую менять значение текстовой ноды. И кроссбраузерно, и гарантировано быстрый вариант.

разница в скорости очень маленькая, но все равно спасибо за совет.
http://jsperf.com/innertext-vs-textcontent-complette/3