Нашел код, меняющий favicon. Проверил - работает.
<script type="text/javascript">
// Ссылка на файл новой иконки
var icon='new_favicon.ico';
var head = document.getElementsByTagName('head')[0];
// Найти и удалить старую иконку из тега HEAD
var links = head.getElementsByTagName('link');
for (var i = 0; i < links.length; i++) {
var lnk = links[i];
if (lnk.rel=='shortcut icon') {
head.removeChild(lnk);
}
}
// Добавить новую иконку
var link = document.createElement('link');
link.setAttribute('href',icon);
link.setAttribute('type','image/x-icon');
link.setAttribute('rel','shortcut icon');
head.appendChild(link);
</script>
