Igorsrt,
не путайте шаблоны wordpress, с js плагинами, которые к нему не имеют отношения. Хотите дополнить код этого плагина, значит нужно изучить его код и делать вставку в нужном месте.

Что касается РНР, ему ровным счетом наплевать, чего вы ему подключаете, этот js-плагин можно назвать даже так "plugin" и все, и это не будет препятствием. Почитайте как работает include.