и нет.
а скрол? координаты у курсора берутся относительно экрана,а у элемента относительно документа

скрола нет. Курсор вобще роли не играет здесь. Я запускаю скрипт и анализируется страница, если в нужном месте есть этот черный пиксел, то делаю одно, если нет, то анализируется следующая страница.