Как остановить выполнение скрипта?
 

Есть задача, заменить стандартные alert'ы на красивенькие модальные окошки собственного приготовления. Вот вот беда, выполнения alert приостанавливает выполнение всего скрипта. Подскажите как с эмулировать такое же поведение?

Такое же - никак.
Т.е. взять и использовать свою оболочку вместо alert не получится.
Но это и не нужно.
Потому что остановка скрипта не нужна.

Правильно - задавать вызываемому окну колбэк\и, выполняемые в зависимости от действий пользователя.

Модальное окно jQuery UI.

http://jquery.page2page.ru/index.php...е_окно_UI