у меня 1.7.2, это не суть важно, важно другое.
некоторые библиотеки перекрывают друг друга.
например, мне для для эффекта вкладок нужен Jquery tools, по очередности, он стоит вторым, из за этого не работают многие стандартные методы jquery 1.7.2, например delegate. если я поменяю их местами, delegate включится, но не смогут работать вкладки.
Livequery - маленькая библиотека, она ничего не меняет, только дополняет, и вроде как работает не через live, так что можно использовать в совсем ранних версиях jquery.
глянь, какие библиотеки у тебя подгружаются после 1.7.1, может, что-то ломает метод html, хотя я сомневаюсь. метод - первичный.

Le-mark43 - спасибо тебе что наставил на пусть истинный. Я так хорошо прогнал оказывается. Действительно если данные полученны через ajax - то ничего jquery не вырезает. У меня же вырезало потому что в коде была записть такого вида:
var ajax_data = '<div>' + ajax_data + '</div>';
- поэтому собственно jquery и вырезал все теги script.
Второй же вариант с wrapper-ом - позволяет этого избежать. Просто в первом варианте видимо полученные данные преобразовывались в строку.
Вобщем задачу для себя я решил верно, а вот причину искал не там...

Что то метод с враппером у меня не пашет ((

jQuery.ajax({
            url: ...
            success: function(html) {
// тут в html js код есть
//Делаю
var wrapper = document.createElement('div');
wrapper.innerHTML = html;
html = wrapper;

field_dialog_{{ id }}.html($(html).html());
// если вывести  field_dialog_{{ id }}.html() то тут js уже обрезан
field_dialog отображает попап.

Пробовал с live играться и эффекта когда используется popup нет.

Задачу, решил.