Эффекты появления/изчезнования
 

при изменения у объекта совойства display (нап. document.getElementById(12).style.display='none') объект появляется/исчезает моментално. как сделать чтоб это происходила плавно или както по другому с какимто эффектами?

setTimeOut
style.opacity
style.filter
про эти три вещи надо прочесть....

Кстати, вы можете про то, как реализуются программные анимации, почитать тут.

В общем, вам нужен таймер, который в зависимости от времени будет изменять прозрачность/размеры элемента (в зависимости от того, какой эффект вы хотите). Материалов приведенной мной статьи должно быть достаточно, чтоб реализовать это. Попробуйте, а если что-то будет не получаться спрашивайте - ответим.