elm.getBoundingClientRect().left + window.scrollX;
elm.getBoundingClientRect().top + window.scrollY;

RX200,
:-? ... пример можно?

Имелось в виду elm.scrollTop, это если не надо по всей странице документ двигать. А window.scrollY это когда относительно окна двигаем, чтоб определить позицию элемента, как в первом вопросе.
var elm = document.getElementsByClassName('treewrapper')[0];
var elm2 = document.getElementsByClassName('selected ')[0];
elm.scroll(0, (elm2.getBoundingClientRect().top + elm.scrollTop) - elm.getBoundingClientRect().top);

RX200,
ок .........