Запуск скрипта после захода на 5-ю страницу
 

Здравствуйте, подскажите пожалуйста, как можно сделать так, чтобы скрипт выполнялся только после того, как глубина нахождения на сайте достигнет 5-ти страниц?
Спасибо.

записывать либо в куки либо в сторадж и запускать функцию когда число будет равно 5

А что этот скрипт должен делать?
По-моему это лучше делать на серверной стороне. Предположим, у Вас PHP и при заходе на сайт запускается PHP-сессия. Тогда Вы сможете легко запоминать в переменной сессии все URL, по которым ходил пользователь, считать их и выдавать (после 5-го) необходимый html обратно клиенту (который в свою очередь может содержать javascript, если он еще понадобится)

Знак '/' может попасться в строке параметров, так что сначала нужно отбросить query string. Хотя ситуация конечно крайне редкая.