JS не работает с классами?
 

var one = document.getElementsByClassName('one');

document.body.removeChild(one);

ничего нет. даже если использовать for по классу

Вы получаете NodeList - массивоподобный объект, а .removeChild принимает конкретный элемент.
Например:

var one = document.getElementsByClassName('one')*!*[0]*/!*;
document.body.removeChild(one);