Aetae,
Я понял. Просто мне в какой-то момент стали приходить мысли, что используя setTimeout можно организовать эту многопоточность. Но это так, просто мысль. И ещё, пока искал решения, узнал про label, но так и не понял как они работают. А есть ещё breake и continue. И как то это надо всё кинуть в котел, добавить крыльев летучей мыши и перемешать. Но я как-то особо об этом не думал.

Aetae,
Можно ещё к вам вопрос?
Просто подумалось, что можно сохранять файлы файнридером, допустим в определенную папку. И что бы из этой папки скрипт сразу или по нажатию кнопки, закидывали файл на сервер, для обработки PHP скриптом.
Собственно вопрос, как?
Ну, то есть инпут файл понятно (хотя может и вообще что-то другое?). Что делать дальше и в какую сторону думать, не понятно.

Если делать всё вручную то php сервер будет лишним звеном.)
FineReader вроде ПО корпоративного уровня, по идее там должна быть поддержка загрузки на сервер(накрайняк отправки по почте). Если и нет то можно подцепить папку с сервака и грузить туда.

По поводу многопоточности через setTimeout - я в предыдущем комменте поленился расписывать, но суть в том, что если функция из setTimeout будет вызвана во время выполнения другого неделимого куска кода, то он будет поставлен в очередь до появления окна. Поток всё равно остаётся один, а время задержки в таймауте ставится не точное, а минимальное.

В современных браузерах есть API WebWorker позволяющий таки запускать ещё парочку отдельных потоков и общаться с ними посредством событий. В самых современных есть поддержка генераторов и yield. Но не нужно воевать с языком, его нужно понять.

Не получается, вы получаете. ФР умеет сохранять куда угодно, в cvs например. Из которого стандартно все засасывается в любую mysql таблицу. У вас не в скриптах дело, а в workflow уродском.

Aetae,
Задача немного поменялась. Как обычно это бывает :)
Теперь нужно объеденить данные из нескольких таблиц. И я это сделал. Но вот в чём проблема. Обрабатываю два файла FileReader'oм, при завершении им загрузки, там же создаю <table> и засовываю всё туда. Со вторым файлом тоже самое. И, проблема в том, что хоть убей не могу потом обратиться к этим таблицам. То есть, он вероятно создаёт их после того, как я к ним обращаюсь, что бы я не делал. Всё это дело висит в addEventListener.

Честно говоря ничего не понял.

Все нормально, когда у него будет 20 таблиц в пакете, он допрет поменять формат с html на csv.

Оказалось, что файнридер может сохранить все сканы в один html. В общем-то задачу решил. Всё работает. Данные засовываются в объект и к ним добавляется всё, что нужно из второго отчёта. Потом это дело находит и заполняет нужные поля.
С csv я не знаком. Разбираться ещё и с этим, не очень хотелось себе голову заморачивать. Но, за наводку спасибо.
Большое спасибо Aetae! Очень-очень приочень помогли! Приятно, что остались ещё отзывчивые люди.

cvs это формат данных, в отличии от html, который - документ со всем барахлом.

Зашибись. Я прилагал усилия найти чек-бокс сохранять все сканы в отдельные одноименные файлы - оказалось он прямо в диалоге сохранения, а у вас в один файл не писалось. Чудеса умолчаний.