Как сделать скрипт неактивныйм
 

Как сделать скрипт неактивным при неактивном окне?

Ответ супер-примитивный. Создать логическую переменную которая будет принимать значение активности или не активности окна при подходящем событии. Потом сделать условие с этой переменной, при выполнении которого скрипт будет выполняться. Если же условие не будет выполняться то и скрипт будет неактивным.