это "страница внутри страницы", практически автономная (только window.parent ссылается на родительское окно). Там свой document, и т.д.
посмотри какой url у фрейма, натрави юзерскрипт на этот url, и он запустится внутри фрейма, будет там работать.

либо, если страница и фрейм с одного домена, можно оставить юзерскрипт как есть, тогда надо будет отыскать в документе фрейм, смотреть его contentWindow.document и в нем искать. Но тут надо дождаться загрузки самого фрейма, и ещё появления в нем элемента, этот вариант мне видится более громоздким