ronaldo,
Уточняю: ты используешь пользовательские скрипты(tempermonkey, greasemonkery и т.д.) или просто хакеришь?

Во втором случае ничего сделать нельзя - это вопрос безопасности браузера, не даст он тебе лезть на чужой сайт.

В первом случае "обойти" тоже ничего нельзя, но можно запустить свой скрип уже внутри фрейма, а дельше делать то что тебе надо. Можно даже наладить общение меж твоими скриптами через postMessage либо GM_setValue.

Приер: есть сайт domain1.com, в нём iframe domain2.com.

Ты можешь сделать юзерскрипт:

// ==UserScript==
// @name        hrefs
// @match       *://domain1.com
// @match       *://domain2.com     
// ==/UserScript==

var hrefs = Array.from(
  document.querySelectorAll('a'),
  a => a.href
);

if (location.hostname === 'domain1.com') {
  console.log('hrefs domain1', hrefs);
  window.onmessage = ({data}) => {
    console.log('hrefs domain1 from domain2', JSON.parse(data));
  };
}

if (location.hostname === 'domain2.com') {
  console.log('hrefs domain2', hrefs);
  window.top.postMessage(JSON.stringify(hrefs), '*');
}