Позиционирование
 

Запихиваю в window tree.Panel и просто panel.Panel в котором chart/
они рисуются друг под другом.а надо чтобы один был слева, другой справа

Свойство layout поможет тебе.
Например можно на колонках, но черт его знает что тебе лучше подойдет, там вариантов много

Правильно сказали выше, надо использовать конфиг layout. Можно поупражняться с режимами column и hbox они действительно расположат элементы по горизонтали.

Лично мне для этого очень удобен режим border:

Ext.create('Ext.window.Window',{
    ...
    height: 200,
    width: 400,
    layout : 'border',
    items : [
        {
            ...
            region: 'west',
            flex: 1,
            ...
        },
        {
            ...
            region: 'center',
            flex: 1,
            ...
        }
    ]
}).show();

hbox от Horizontal Box. По аналогии с примером из предыдущего поста:

Ext.create('Ext.window.Window',{
    ...
    height: 200,
    width: 400,
    layout : {
        type: 'hbox', // <------------
        align: 'stretch'
    },
    items : [
        {
            ...
            flex: 1,
            ...
        },
        {
            ...
            flex: 1,
            ...
        }
    ]
}).show();

Вместо flex можно писать width, чтобы ширину определить жёстко.