Sencha Cmd: Подключение библиотеки из github.com
 

Как правильно подключить библиотеку, которая расположена на github.com (или ином репозитории)?

Это не совсем JavaScript, точнее совсем не JavaScript; git submodule будет вам ответом. :)

А при чем тут субмодуль? Я хочу чтобы sencha cmd брал код из репозитория на гитхабе и подключал так же, как я его описал бы в app.json. Это возможно?

Изначальный вопрос был о библиотеке в репозитории. Cmd не работает с репозиториями, это совершенно не её компетенция. Если библиотека доступна по HTTP, то подключайте её в app.json точно так же, как и любую другую. Если же вы хотите, чтобы у вас была копия этой библиотеки локально и зависимость на неё в вашей репозитории, то git submodule вам в этом поможет.

В любом случае, Cmd тут ничем особенно не поможет.