мдауж, а нужно то без __proto__:

alert(Window.prototype.setTimeout);

или

alert(document.head.appendChild(document.createElement('iframe')).contentWindow.setTimeout);

первый раз вижу Window с большой буквы, пошёл и я плакать учиться :)

Что ты думал когда писал window.__proto__.setTimeout?

alert(window.constructor.toString())

я думал, что свойство __proto__ содержит ссылку на прототип объекта window, методом которого (прототипа) является setTimeout
первым делом я, конечно, попробовал window.prototype.setTimeout, но так как у меня не прошло, пришлось искать другие варианты

смотрю сейчас http://www.w3.org/TR/Window/ (если я правильно нашёл, куда смотреть) и хочу понять откуда маленькие и большие буквы

это простые конструкторы, как можно о них не знать

alert(Window === window.constructor);
alert(HTMLDocument === document.constructor);

ты же знаешь о конструкторах Object, Array и т.д. Дык для каждого объекта есть конструктор.

кстати насчет __proto__ можно его вытащить стандартным методом:

window.setTimeout = null;
alert(Object.getPrototypeOf(window).setTimeout);

ну так гениальное просто, но познаётся с трудом, теперь вкурил, спасибо за объяснение

да, я привёл этот вариант