Не окрашиваются стоки таблицы
 

Фрагмент таблицы:

print "<tr class=trTheme id=$Fetch[id]>
                    <td width='16' class='theme'> <input type='checkbox' class='cbTheme' id=$Fetch[id] name='cbTheme$Fetch[id]' value=$Fetch[id]/></td>";

Событие клика на чекбокс и вызов функции окраски строки таблицы:

function select_color_tr(id)    {
    /*Выделяем цветом строки отмеченные галочкой*/
        if ($('.cbTheme#'+id).attr('checked'))    {
            $('.trTheme#'+id).addClass('temp');
        } 
        else    {
            $('.trTheme#'+id).removeClass('temp');
        } 
    }
/*Кликаем по галочке темы*/
    $('.cbTheme').click(function()  {
        var id=$(this).attr('id'); 
        select_color_tr(id);
    });

При клике на чекбоксе в FireFox и IE строки не окрашиваются, а в опере окрашиваются. В чем проблема?

У вас какая-то сложная функция, зачем она вообще? Вот так работает везде:

$(".cbTheme:checkbox").change(function(){
  if ($(this).is(":checked"))
   $(this).closest(".trTheme").addClass('temp');
  else
   $(this).closest(".trTheme").removeClass('temp');
 });

Посмотрите теперь
 

Но ответьте, пожалуйта на вопрос, почему все-таки не работает? Ведь если мы будем сталкиваться с проблемами и придумывать другие пути их решения, то мы не решаем трудности, а ищем легкие пути или те, которые уже раньше проходили. В предыдущем скрипте было все так сложно, т.к. я подразумевал что функция select_color_tr(id) быдет вызываться и при щелчке на чекбоксе и на строке.

Переделал скрипт, теперь если кликаем по галочке, то строчка окрашивается, а если кликаем по строчке, то галочка не ставиться и строчка не окрашивается.

/*Кликаем по галочке темы*/
    $('.cbTheme').click(function()  {
        var id =$(this).attr('id'); 
        /*Выделяем цветом строки отмеченные галочкой*/
        if ($(this).attr('checked'))    {
            $('.trTheme#'+id).addClass('temp');
        } 
        else    {
            $('.trTheme#'+id).removeClass('temp');
        } 
        changeMenu();
    });

    /*если кликнули по строчке, то ставим галочку и окрашиваем*/
    $('.trTheme').click(function() {
       var id = $(this).attr('id');
       $('.cbTheme#'+id).click();
    });

Ну во-первых, у вас повторяется id - у чебокса и строки, а он должен быть уникальным.
А во-вторых, мне кажется, у чебокса просто нет метода click(). Или есть не во всех браузерах. С этим методом вообще много непоняток, лучше уж атрибут менять.

А если одинаковые id, но в разных классах? Я ведь явно пишу принадлежность id к классу cbTheme.

$('.cbTheme#'+id)

Это не правильно?

Если так нельзя, то тогда id элемента нужно передавать в каком-то придуманном атрибуте (не стандартном в html). Как в такой ситуации лучше идентифицировать конкретный элемент в группе?
Или в цикле где формируются строки таблицы подключать обработчики событий с помощью bind()?

Все равно в каких классах, id должен быть один. Файрфокс, во всяком случае, видит только первый, если элементов с одним id несколько.

Как быть в такой ситуации?
 

Как в такой ситуации лучше идентифицировать конкретный элемент в группе?
Или в цикле где формируются строки таблицы подключать обработчики событий с помощью bind()?

Ну можно к одному из id впереди буковку добавить. А вот bind не спасет, если метода нету.

Добавить второй класс, например <tag class="valera volodia" />
А в jQuery обращаться так: $('.valera.volodia')

print "<tr class=trTheme id=tr$Fetch[id]> 
                    <td width='16' class='theme'> <input type='checkbox' class='cbTheme' id=cb$Fetch[id] name='cbTheme$Fetch[id]' value=$Fetch[id]/></td>";

Добавил к id строки "tr" и к id чекбокса "cb". Тогда чтобы узнать id, нужно вырезать эти буквы из id?

Знаете, это все на самом деле проще: если вы кликаете по чебоксу, вы все равно кликаете по строке. Вот такой обработчик поставьте, и бог с ними, с id совсем:

$('.trTheme').click(function() {
       $(this).toggleClass('temp');
       if ($(this).hasClass('temp'))
        $(this).find('.cbTheme').attr('checked', 'checked');
       else
        $(this).find('.cbTheme').removeAttr('checked');
    });

Спасибо, это верно.
А напишите, как на будующее лучше передавать этот id. Использовать нестандартные атрибуты или добавлять к id какой-то префикс и затем в событии его обрезать?

Ну, если id вам нужен, то лучше префикс. По id быстрее работает, чем по атрибутам.