Закрытия блока
 

Как сделать что-бы при клике на $('html') скрывался блок .boxlen но при клике в боксе .boxlen он не пропадал и та можно было делать клик по линкам.

$('html').click(function(){
		$('.boxlen ').fadeOut();
	});
$('.boxlen').click(function(){return false}) // данный код не скрывает бокс но не дает кликать по сылкам

При клике по 'html' проверьте элемент с помощью hasClass('boxlen')

Если я правильно понял

$('html').click(function(){
      if($('html').hasClass(boxlen ).length)
       {
        $('.boxlen ').fadeOut();
        }
    });

То это не меняет данную проблему про клики в боксе boxlen .

Не угадали.

$('html').click(function(){
            if($(this).hasClass('boxlen')) {
                   return false;
            }
            $('.boxlen ').fadeOut();
});

Вру.

$('html').click(function(e){
            if($(e.target).hasClass('boxlen')) {
                   return false;
            }
            $('.boxlen ').fadeOut();
});

Не много не верно, блок .boxlen всегда существует то есть данная проверка бессмысленная всегда будет возвращать true, следовательно блок некогда не скроется.

.boxlen - Это класс, или div?

<div class="boxlen"></div>

Тогда всё должно работать

ага у меня просто бьет ошибку "ReferenceError: e is not defined"