как сделать ось У по центру?
 

Подключаю к файлу библиотеку flot.
Все работает, только хотелось бы вертикальную ось сделать по центру.
Не знаю как)

А в заявленном разработчиками функционале такая фича есть? А... кажется есть. Кажется, в 45 строке кода указан отрицательный диапазон. Попробуйте.