Как продлить задержку?
 

if (!$('#elem').length) {
    var $elem = $(templateElem).appendTo('#cont').delay(5000).queue(function (next) { $(this).remove(); next(); })
} else {
    var $elem = $('#elem').eq(0).stop(true).delay(5000).queue(function (next) { $(this).remove(); next(); })
}

Создается элемент, который через 5 сек. удаляется. Если приходит команда на создание нового элемента, а старый еще жив, то отчет времени должен начаться заново.

Почти час сижу, переставляю функции и все-равно не работает!

Ладно, другой способ

if (!$('#elem').length) {
    var $elem = $(templateElem).appendTo('#cont').each( function () {
        var el = $(this);
        el.data('reload', function () {              
            clearTimeout(el.data('timer'));
            el.data('timer', setTimeout((function (elem) {
                return function () { elem.remove() }
            })(el), 5000));
            return el
        });
        return this
    }).data('reload')()
} else {
    var $elem = $('#elem').eq(0).data('reload')()
}

Он работает, но можно как-то упростить код?

Shitbox2,
Без необходимого HTML контента, - отклики помогающих минимальны обычно

Тут он совершенно минимальный

<div id="cont"></div>

и

templateElem = '<div id="elem">...</div>'