координаты относительно второго предка
 

Можно ли на jquery определить координаты относительно второго или третьего предка, position() работает относительно первого предка

определять по очереди координаты предков впоть до искомого и суммировать? Для начала прочитать http://api.jquery.com/position , может есть интересные параметры этой функции.