вообщем можно создать объект вида

var Messege = function (timeStart, timeEnd, messege) {
  this.timeStart = timeStart;
  this.timeEnd = timeEnd;
  this.messege = messege;
  this.createInit();//Запускаем инициализацию создания элемента 
}

Messege.prototype.createInit = function () {
  if (/*время создания уже наступило*/) {
    this.createAsTime();
  } else {
    this.createAsTime(this.currentTimeToCreate()); //рассчитываем время до создания (в мс) 
  }
}

Messege.prototype.createAsTime = function (time) {
  if (time != null) {
    setTimeout(this.addElement, time);
  } else {
  /*функция создания элемента*/
  }
}

Messege.prototype.addElement = function () {
  $(/*место*/).append('<div>' + this.messege + '</div>');
  this.$ = $(/*место*/).find('div').last();
  this.removeMessegeInit();
}

Messege.prototype.removeMessegeInit = function () {
  this.removeAsTime(this.currentTimeToRemove()); //рассчитываем время до удаления (в мс)
}

Messege.prototype.removeAsTime = function (time) {
  setTimeout(this.remove, time);
}

Для каждого сообщения создаем экземпляр класса Messege, и у каждого будут вышеперечисленные методы.
Создаем экземпляр:

var a = new Messege("10:00", "15:00", "Обед")

В безопасности вы ничего не теряете, ведь в странице будет только объект с данными и все (разница в том что его не надо парсить). К тому как будет создаваться этот объект пользователю доступа не будет.

С кодом приведённым выше, вам надо просто создать экземпляр для каждого сообщения с соответствующими параметрами, а сообщения будут сами создаваться и удаляться.

С английским у меня не очень)