Плагин jQuery Org Chart
 

Есть такой плагин jQuery Org Chart
Демо.
В демо все двигается на ура, связи рисуются.
Но как вставлять свои данные в эту диаграмму? Может кто поделится опытом или ссылкой на русскую документацию.

А открыть исходный код и посмотреть?

К сожалению в js я новичек и просмотр кода мне ничего не дал.
Просто заменить текст в редакторе я могу, но динамически собирать диаграммы из данных в mysql не пойму как.

Ну что я вам могу ответить)
Работа с серверными языками, это вам не Жуквери) курите мануалы, коих много в интернете